正直,全く仕組みがわからなかったのですが...
TeXShop -> Preferences -> Engine
をいじると,何とかなりました.
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ptex2pdfでタイプセットするため以下を参照しました.
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?ptex2pdf
初期設定では
ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error"
となっていたため,upLaTeXを使っていました.
"-u"を削除し,dviファイルを削除したくないので"-i"を追加して,完了.
ptex2pdf -i -l -ot "-synctex=1 -file-line-error"