\documentclass{jarticle}
で，
\section{はじめに}
とすると，
1 はじめに
と出力します。
現在最終稿を準備している学会誌の編集委員から，節番号にピリオドをつけ，
1. はじめに
とせよ，と指示されています。
これ自体は
\renewcommand{\thesection}{\arabic{section}.}
\renewcommand{\thesubsection}{\arabic{section}.\arabic{subsection}.}
などとすることで解決します。
しかし，\label, \ref を使った cross-referencing を多用しているので，
\section{はじめに}\label{intro}
\subsection{現象と先行研究}\label{facts}
. . . . .
本論文の \ref{facts} 節で述べたように，. . . .
とすると，
. . . . .
本論文の 1.1. 節で述べたように，. . . .
のように，「1.1 節」としたいところが「1.1. 節」と よけいなピリオドが入ってしまいます。
セクション見出しの番号は「1.1.」とした上で本文中の参照では「1.1節」と出力させるには どうしたらよいか，ご存じの方がおられたら助かります。