> ちゃんと一番奥の細かいファイルだけを指定して
> texmf-localの中に入れたらいいだけの話でした...
成功したということなので，実際に上のようにされたのではない
と思いますが，他の人が誤解されると困るので確認しておきます。
上に書かれたとおりにすると，TDS を破りめちゃくちゃに
なります。先ほど書いたとおり
doc フォルダ， fonts フォルダ， tex フォルダを
フォルダごと texmf-local の直下に置かなければ
いけません:
texmf-local/doc
texmf-local/fonts
texmf-local/tex
おそらくこのようにされたのだと思います。