ありがとうございます。
以下を行う事で設定きました。
$ sudo rm -rf /usr/local/share/texmf/web2c/texmf.cnf
$ sudoedit /etc/texmf/texmf.d/90my-command-list.cnf
$ cat /etc/texmf/texmf.d/90my-command-list.cnf
shell_escape_commands = \
bibtex,bibtex8,bibtexu,upbibtex,biber,\
kpsewhich,\
makeindex,mendex,texindy,\
mpost,upmpost,\
repstopdf,epspdf,extractbb
$ sudo update-texmf
TEXMFLOCAL は結局なんだったか分かりませんでしたが。。。