pdf を使用することで解決したようですが、ちょっとテストして みました。TeX Live 2013 では今までの -sPAPERSIZE=a0 をやめて、 -dEPSCrop にし、対応する xetex.def と dvipdfmx.def の変更を しましたが、問題の eps に対して、理由は私にはわかっていませんが -dEPSCrop がうまく働かないようです。一方 pdflatex は何の問題も ないことを考えて、 dvipdfmx.cfg において D 値を D "epstopdf --outfile='%o' '%i'" に変えてみると、問題が無くなりました。