やってみました。pdf_begin_dict()のあとに次の二行を追加すれば、
pdf_dict_add_streaminfo(pdf);
pdf_end_dict(pdf);
==============================
10 0 obj
<</Length 13 /Filter/FlateDecode>>
stream
xﾚc` z ← 以前は空白だけだったのが、何かデータが埋まってる。（無理やりバイナリを貼り付けましたので文字化けしてます）
endstream
endobj
==============================
うまくPDFが出力できているようです(データの内容は分かってませんが)。
このPDFファイルも分割やページ抽出など問題なく操作できました。