ご指摘ありがとうございます。
久々に upTeX のページ を更新し、convbkmk.rb の更新版を置きました。
テストはしていたのですが、VineLinux の中の ps2pdf では問題なく作成できていたので気付きませんでした。
pdfmark の仕様では Unicode の場合 FEFF で始まる必要があるとのことです。この ps2pdf が pdfmark の仕様外の動作をする (UTF-16LE のBOMを UTF-16BE と読み替える寛容(?)な動作をしている) という風に理解しました。