こんにちは。TeX Wiki の TeXlipse の項目を加筆・修正した者です。
> この Wiki にしたがってインストールしたのですが，BibTex による文献リストの作成ができませんでした。
テストしてみたところ，私の環境では文献リストの作成は可能でした。
> ここで不思議なのは，なぜ，デフォルトで aux ファイルなどが tmp フォルダに作られるようになっているかということです。
デフォルトで aux ファイル等が tmp フォルダに作成されるのは，tmp ファイルが散らかってしまうのを作者が好まないからそのような仕様になっているのだと思います。
> 私は，これらを一時ファイルリストから外すことで，BibTex がこれらを見つけられるようにしましたが，これは標準的な方法なのでしょうか。それとも，tmp フォルダに作るようにしたまま，他の設定をするのが標準的なのでしょうか。
標準的かどうかは分かりませんが，問題が解決したのであれば，それが正しい方法だと思います。標準的かどうかは他の TeX エディタを試してみて決めてみてはいかがでしょうか？