> LaTeX Font Warning: Font shape `TU/AP-OTF-ShinGoPr6N(0)/m/n' undefined
> (Font) using `TU/lmr/m/n' instead on input line 37.
この警告メッセージが出るのは luatexja-fontspec のバグですが，
「m」だけがうまくいかないのとはこれとは別の原因です．
fontspec で FontFace={}{}{} と設定した場合，それは通常の UprightFont=... より前に実行され，
「シリーズ m，シェイプ n」についての定義が（FontFace 由来の *-Medium になったあと）
UprightFont 由来の *-Light で上書きされてしまうようです．