> emathPが原因だと思われます。
emath パッケージでは，
「行間を一定にする」
ことよりも
「行の上下にゆとりを持たせる」
を優先しています。
これを解除し，pLaTeX の仕様通りとするには，
emath を読み込む際，ロードオプション
\usepackage[normallineskip]{emath}
を付加することとしています：
% emath 独自の行間設定の排除
\documentclass[a4paper,10pt, twocolumn]{jarticle}
\usepackage{okumacro}
\usepackage[normallineskip]{emath}% emath 独自の行間設定を排除
\usepackage{emathP}
\begin{document}
\section*{ルビによる行間の乱れの確認}
% 比較のためにルビのないテキスト
通常、ルビがない状態では一定の行間でテキストが配置されます。
% ルビがあるテキスト（ここで問題が発生する）
しかし、ここに「\ruby{漢字}{かんじ}」のようなルビが入ると、その行だけが上に押し広げられ、
前後の行と比較すると、特定の行間だけが広く空いて見えます。
\end{document}
emath パッケージでは，
「行間を一定にする」
ことよりも
「行の上下にゆとりを持たせる」
を優先しています。
これを解除し，pLaTeX の仕様通りとするには，
emath を読み込む際，ロードオプション
\usepackage[normallineskip]{emath}
を付加することとしています：
% emath 独自の行間設定の排除
\documentclass[a4paper,10pt, twocolumn]{jarticle}
\usepackage{okumacro}
\usepackage[normallineskip]{emath}% emath 独自の行間設定を排除
\usepackage{emathP}
\begin{document}
\section*{ルビによる行間の乱れの確認}
% 比較のためにルビのないテキスト
通常、ルビがない状態では一定の行間でテキストが配置されます。
% ルビがあるテキスト（ここで問題が発生する）
しかし、ここに「\ruby{漢字}{かんじ}」のようなルビが入ると、その行だけが上に押し広げられ、
前後の行と比較すると、特定の行間だけが広く空いて見えます。
\end{document}