なるほど。TeX言語的な話については Z. R. さんの回答で解決でしょうか。
それはそれとして、「別行見出しが連続している場合（例えば \section{ほげ} の直下に \subsection{ふが} がある場合）等に，見出し間の垂直方向のスペースを制御できるようにしたい」ということであれば、\section や \subsection の定義を工夫するのが良いと思います。\section のところで \everypar に細工を仕込むことで、垂直モードで無視される余分な \par に影響されない形で、\section と \subsection の間に地の文がある場合とない場合で動作を変えることができると思います。