原因は分からないですが、調べてみるとちょうど同じような質問が StackOverflow に投稿されていました。
https://stackoverflow.com/questions/79158518/latex-package-conflict-between-cleveref-and-amsmath
状況は異なりますが、回答されている方法を用いると本件の問題も解決します。
解決方法
プリアンブルに以下を追加します。
\RemoveFromHook{label}[firstaid/cleveref]%
\makeatletter%
\AddToHook{label}[firstaid/cleveref]%
{\ifx%
\@currentcounter\@empty%
\else%
\firstaid@cref@updatelabeldata{\@currentcounter}%
\fi}%
\makeatother%
まとめると次のようになります。
\documentclass[fleqn]{article}%
\usepackage{amsmath}%
\usepackage{cleveref}%
\RemoveFromHook{label}[firstaid/cleveref]%
\makeatletter%
\AddToHook{label}[firstaid/cleveref]%
{\ifx%
\@currentcounter\@empty%
\else%
\firstaid@cref@updatelabeldata{\@currentcounter}%
\fi}%
\makeatother%
\begin{document}%
\begin{equation}%
a=b%
\end{equation}%
\begin{equation}\label{hoge}%
b=c%
\end{equation}%
\end{document}