対処法について。
TeX の \mark 機能を利用すればできそうです。（手元でちょっと実験したところうまくいきました。）
\pagenumbering を本文中に埋め込む代わりに、対応する \mark を埋め込んでおいて、
ページノンブルが出力される \@oddfoot などの中で \mark を調べて対応するという感じです。
LaTeX標準のマークは{{章題}{節題}}のように２系統となっているので、
少し細工して pagenumbering 用の３系統目を潜り込ませるか、
e-TeX の拡張機能の \marks を使えばよいでしょう。
TeXのマーク機構については、こちらのスレッドに少し言及があります。
https://okumuralab.org/tex/mod/forum/discuss.php?d=2573