提示されたソースを見るに、align* 環境の冒頭で \kakkosan がきて、
その後の行の第 1 列がことごとく空であるところから、
括弧囲みの数字を左に突き出させて、以降のテキスト（非数式部分）を
左端に揃えたいという意図のように思われます。
だとすれば、align* 環境等の数式環境で対応するのは相当強引な手口で、
通常ならリスト系の環境（特に enumerate 環境）を使う（その上で、
番号の付き方や揃え位置の寸法等を工夫する）ものだと思いますが、
そういったアプローチが取れない状況だと云うことでしょうか？
ちなみに、enumerate 環境を使えば、次のように、そこそこ素直な
ソースになると思います。
※ 出力上 k\comb{n}{k} の類いがk_{n}\mathrm{C}_{k} と
見分けが付かないとか、気になるところは残っていますが…。
\documentclass[fleqn,b5paper,12Q]{jsarticle}
\usepackage{multicol}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage{float}
\usepackage{txfonts} %設定部分
\usepackage{listings, jlisting}
\usepackage{waku,ceo}
\usepackage[margin=5truemm]{geometry}
\renewcommand{\baselinestretch}{1.15}
\pagestyle{empty}
\renewcommand*{\labelenumi}{(\theenumi)}
\begin{document}
\begin{enumerate}
\item
some text
\item
some text
\item
$1\leq k \leq n$ を満たす自然数$k$について
\begin{align*}
k\comb{n}{k}&=k\cdot\frac{n!}{k!(n-k)!}=n\cdot\frac{(n-1)!}{(k-1)!(n-k)!}\\
&=n\cdot\frac{(n-1)!}{(k-1)!\{n-1-(k-1)!\}!}
=n\comb{n--1}{k-1}\:\mbox{」 \setlength{\fboxsep}{0cm}\fbox{1点}}
\end{align*}
よって
\begin{align*}
\sum\limits_{k=1}^{n}k\comb{n}{k}
&=\sum\limits_{k=1}^{n}n\comb{n-1}{k-1}
=n\sum\limits_{k=0}^{n-1}\comb{n-1}{k}=n\cdot2^{n-1}
\:\mbox{」\setlength{\fboxsep}{0cm}\fbox{1点}}
\end{align*}
(\eqref{E1} に$x=1$を代入の場合,上と合わせて {\setlength{\fboxsep}{0cm}\fbox{2点})}\\
ゆえに
\begin{align*}
\sum\limits_{k=1}^{n}k^2\comb{n}{k}
&= \sum\limits_{k=1}^{n}k(k-1)\comb{n}{k}
+\sum\limits_{k=1}^{n-1}k\comb{n}{k}
\:\mbox{」\setlength{\fboxsep}{0cm}\fbox{1点}}\\
&= n(n-1)\cdot2^{n-2}+n\cdot2^{n-1}
\end{align*}
\end{enumerate}
\end{document}