元々 jlreq と ltjsarticle の比較という話で，penalty はデフォルトのままでしたので，和文の空白の「違い」が大きいということになるでしょうか。
また，LuaLaTeXを使っていましたが，pLaTeXでも結果は変わりませんでした。
警告については，Underfull 等は出ていません。
\jlreqkanjiskip はデフォルトが
{0pt plus 0.25\jlreq@zw minus 0pt}
narrow_kanjiskip オプションだと，マニュアルの例
{0pt plus .1\zw minus .01\zw}
と同じになるのだと思いますが，
jsarticleに慣れているためかデフォルトだと伸びすぎなので，今のところ
{0pt plus 0.15\jlreq@zw minus 0pt}
くらいが良さそうです。