自分なりに調べて、原因と思われることが分かりました。
まず、出力されていたのは横組用グリフではなく「縦組用グリフを90度回転したもの」でした。
LuaTeX-ja パッケージには縦組用和文フォントに関して以下のような機能があります。
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「いかなるscript, languageでもvertにより置換されない」グリフのうち，UAX #50で“r”もしくは“Tr”と指定されているものは90度自動回転させる．
（LuaTeX-ja パッケージドキュメント 7.2 節より）
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さらに、ソースコードを見ると以下のようなコメントがあります。
[ltj-jfont.lua]
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-- 同じグリフが複数の Unicode ポイントを持っている場合．
-- いずれかの Unicode ポイントで rot = true ならば全体で rotate
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実際に、IPAex明朝 （ipaexm.ttf）は三点リーダーの縦組み用グリフと「U+205D TRICOLON」とグリフを共有しているようです。
U+205D は UAX #50 で“R”と指定されているのでグリフは90度回転されて出力されます。
結局、IPAexフォント以外のフォントを使用するしかなさそうです。