若 雲さま
おっしゃる通りで，これまではご提示いただいたように
１．ＴｅＸで作成している部分をＰＤＦとして組版して
２．その親ＰＤＦを各章（全16章）ごとに分割
３．その各章ＰＤＦに対して，別ソフトで作成したＰＤＦをマージ（挿入）し，
４．最後に章ごとにページ番号を振る
ということをしていたのですが，この1-4の流れ自体は
案件ごとに作業内容がほとんど変わることがないので，
それらをTeXで一括処理できるようにできないかなぁと思案していた次第です．
ご紹介いただいたPDFtkはコマンドラインからの操作も可能なのですね．
これまでAcrobatでしていたので，それだけでも十分に効率化できそうですので，
試してみたいと思います．ご紹介ありがとうございます．