自己解決と言えるかどうか分かりませんが、割り書き文字のサイズによってずれが変っているようなので割サイズを反映するようにしてみました。
\newdimen\twari@tbaselineshift
としておいて192行目からを
{\warisize \let\twari@tbaselineshift=\tbaselineshift%
\dimen3=\ht2 \divide\dimen3 by2
\dimen4=\dimen3
\advance\dimen3 by.65\twari@tbaselineshift
\advance\dimen3 by-.0zw
\advance\dimen4 by-.65\twari@tbaselineshift
\advance\dimen4 by.0zw
\dp2=\dimen4\ht2=\dimen3\box2}}%
とすると中心がそろうようです。