一般フォーラム

> この if ブロックごとコメントアウトするのが
> 良いと思いますが，どうでしょうか？

賛成です。
これはおそらく arg[0] が "context" の場合，
arg[0] = "mtxrun"
arg[1] = "--script"
arg[2] = "context"
と変更するためのもので，通常の luatex や lualatex
の場合は無間系で，コメントアウトするべきもののように思います。