ご質問はこちらへ

LyX での各パッケージのオプション指定法まではわかりませんが，とりあえず……．

オプションの dvipdfmx の指定は \documentclass につけてしまうとよいと思います．
例えば jsarticle をお使いなら

\documentclass[dvipdfmx]{jsarticle}

としておくと，読み込む全ての（dvipdfmx オプションを受け付ける）パッケージに
dvipdfmx オプションが渡されます．
LyX の場合，文書 → 設定 → 文書クラスの Class options のところから追加できるようです．
「任意設定(T):」のところに dvipdfmx と入れます．

LyX 2.1.3を使用しています。
文書 -> 設定 -> 文書クラス でグラフィックドライバに DVIPDFMx を指定しても、
\usepackage[]{hyperref} のオプションに dvipdfmx が指定されていないようで、tpic specials を使用した文書が正しいpdfに変換されません。
tpic specials の円を描くコマンドを使うと、不要な線が現れます。

ファイル -> 書き出し -> LaTeX (pLaTeX) で .tex を出力してみると、graphicx パッケージには正しく dvipdfmx オプションが付いていますが、hyperref には dvipdfmx オプションが付いていません。
どうすれば hyperref にも dvipdfmx オプションを付けることができますか？

ご返事をきっかけにしてパッケージの管理のコマンドについて学習しました。ありがとうございました。

あーいや、autoremove は承知してますし、自分でも使っています。

Ubuntuユーザです。

> automove なんてオプションは見たことがありません。

apt-getのmanから
autoremove
autoremove is used to remove packages that were automatically installed to satisfy
dependencies for other packages and are now no longer needed.

いや、もちろん元質問者はautoremoveを間違って使っているのですけれどね :-p

vfdata-morisawa5 を削除できたので報告します。

???

ご回答ありがとうございます。

(1) 一度 PATH から TeX Live 2012 のディレクトリを外して、システムが TeX 関連の

その後、LyX と TeXlive2009 の削除を試みました。長くなりますが結果を添付させていただき、対処方法のご教示をお願いいたします。