一つのプロジェクトに関連するファイルは一つのディレクトリ（フォルダ）に入れておくのは常識だが，最終産物（PDFファイル）を生成するための処理手順を Makefile というファイル名のファイルに書き込んでおくとよい。例えば ronbun.pdf を ronbun.tex から生成するのであれば，Makefile に
ronbun.pdf: ronbun.tex
platex ronbun.tex
dvipdfmx ronbun.dvi
と書いておく。半角スペース8個に見えるところは，実際にはタブ1個を入れる（半角スペースでは機能しない）。こうしておいて，Makefile や ronbun.tex の入っているディレクトリにいるターミナルで
make
と打ち込むと，もし ronbun.pdf が存在しないか，あるいは存在しても ronbun.tex より古ければ，次の platex ronbun.tex および dvipdfmx ronbun.dvi という命令を実行する。
なお，ronbun.tex から zu1.pdf，zu2.pdf，zu3.pdf を読み込んでいるのであれば，それらのうち一つでも ronbun.pdf より新しければ再コンパイルが必要であるので，
all: ronbun.pdf
PDFS= zu1.pdf zu2.pdf zu3.pdf
ronbun.pdf: ronbun.tex $(PDFS)
platex ronbun.tex
dvipdfmx ronbun.dvi
のように書く。1行目はここでは特に必要ないが，ターゲットが ronbun.pdf であることが見やすくなる。
ところで，zu1.pdf，zu2.pdf，zu3.pdf がそれぞれ zu1.R，zu2.R，zu3.R から生成されたものであるなら，
all: ronbun.pdf
PDFS= zu1.pdf zu2.pdf zu3.pdf
ronbun.pdf: ronbun.tex $(PDFS)
platex ronbun.tex
dvipdfmx ronbun.dvi
.SUFFIXES: .pdf .R
.R.pdf:
Rscript $<
のようにしておくと，例えば zu3.pdf が存在しないか zu3.R より古ければ，Rscript zu3.R というコマンドで生成してくれる。
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