ちょっと古くなりすぎたので，いったんトップからのリンクを外しました。そのうち更新します。
プログラミング言語PythonにはIPythonという対話型のシェルがあり，さらにこれをWebブラウザから使うIPython Notebookという仕組みがあります（Mathematica Notebookみたいなもの）。ここで取り上げるのはIPython 2のNotebookですが，IPython 3が開発中で，さらに次世代のJupyter Projectが始まりました。「Jupyter」の名前に含まれるJulia，Python，Rが便利に使えるシェルになると思われます。
ここでは普通のIPython 2.xからRを使う方法を説明します。
まずはPython，IPythonをインストールする必要があります。また，rpy2というPythonのパッケージが必要です。Pythonがインストールされたシステムであれば pip コマンド（Python 3なら pip3）で簡単にインストールできます：
sudo pip3 install rpy2
使い方の詳細はrpy2 documentationをご覧ください。IPythonのrmagicのページにも簡単にまとめられています。最低限のことは以下の例で説明します。
ターミナルを開いて，適当な作業用ディレクトリに移動し，そこでIPython Notebookを起動します：
ipython notebook
これで自マシンの8888番ポート（つまり http://localhost:8888）でWebサーバが起動し，標準のWebブラウザが開いてそこに接続します。ブラウザはWebSocketをサポートする必要があります（IEなら10以降）。このブラウザの画面の右にある [New Notebook] ボタンをクリックし，新しいNotebookを作成します（デフォルトのNotebook名は Untitled0.ipynb ですが File メニューから Rename できます）。
ブラウザ（Notebook）の In [ ]: の右に，Rと連携させるための仕組みをロードするために，次のように打ち込んで，Shift + Enter します（昔の rmagic は今は rpy2.ipython にしたほうがよいようです）：
%load_ext rpy2.ipython
次のセルからは，Rの命令であれば頭に %%R という行を付けます（これを付けなければPythonの命令になります）。セル内の改行は Enter，セルを実行するには Shift + Enter です。
セルの内容は遡って変更できます。例えば上の hist(x) を hist(x, col="gray") に変更すると，グラフの色が変わります。また，グラフ出力では，先頭行に %%R -w 500 -h 300 のように横・縦のピクセル数でサイズを指定することができます。
Notebookの内容はときどき自動保存されますが，保存ボタン（フロッピーディスクのマーク）をクリックしても保存されます。シェル（ブラウザ）を閉じても再接続して *.ipynb ファイルを開けば，作業を続行できます。
*.ipynb ファイルはJSON形式のテキストファイルです。画像はテキスト化（Base64）されて埋め込まれます。
セルの型は標準では「Code」となっていますが，「Markdown」とすれば，Markdownという記法でリッチテキストが挿入できます。$...$ や $$...$$ でインライン・別行の数式をLaTeX記法で書けます（MathJaxでレンダリングします）。
IPython NotebookをHTMLに変換するには次のようにします（あらかじめpipで pygments パッケージをインストールしておきます）：
ipython nbconvert --to html Untitled0.ipynb
画像はdata URI schemeでHTMLファイルに埋め込まれます。