SMTP、POP、IMAP
メール送信はSMTP、受信はサーバからメールを削除するのがPOPで削除しないのがIMAPだと書いてある教科書がありました。
実際は、POPもIMAPも、サーバからメールを読んでもメールは削除されません。削除コマンドを送れば削除されます。
POPとIMAPの違いは、サーバ内のメールの管理がPOPではほとんどできないのにIMAPではフォルダに分けたりが簡単にできる点です。今はPOPを使うメリットはまったくありません。IMAPを使いましょう。
あと、SMTPはメールを暗号化しないと思っている人がまだいるようですが、「送信者→(SMTP)→送信サーバ→(SMTP)→受信サーバ→(IMAP)→受信者」のどの段階でも今は暗号化されるのが普通です。ただし「送信サーバ→(SMTP)→受信サーバ」の暗号化（STARTTLS）はオプションなので、暗号化されない可能性もあります。
いずれにしても、サーバの管理者はメールを読むことができます（読まないとは思いますが）。このため、秘密のメールを送るには、送信の段階で暗号化し、受信者が復号する仕組みが必要です。そのような仕組みはありますが（S/MIME、PGP）、あまり普及していません。
添付ファイルだけ暗号化して、復号の鍵を別便のメールで送ることがありますが、メールを盗聴できる人なら鍵も見れてしまいますので、意味はありません。鍵はメール以外で送るか、読める人を限定できるクラウドサービスを利用しましょう。
公開鍵暗号を使う方法はGnuPGを使おうをご参照ください。
参考書：